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          来源:46棋牌     时间:2019-07-16 06:18:25
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          Bioconductor最初的设计是用来分析基因芯片数据,因此芯片分析反映了Bioconductor的设计理念和编程思想。

          尽管芯片分析现在已经不再是生物信息学的热点问题,但是,对于初学者来说,通过这部分内容的学习从整体上掌握Bioconductor 的编程思想。

          首先,从数据包CLL中载入芯片数据,完成预处理,最后获得基因(探针组)表达矩阵。滚子

          注意,探针组表达矩阵的行对应的是探针组,而不是基因。天津

          探针组:

          一张基因芯片可以包含上百万的探针(通常由25个碱基组成),它们被整齐有序地印刷在芯片上。潮汕

          一组探针或称探针组(Probe set),来自于一个基因,通常由20对或者11对探针组成,每一对探针都由匹配探针( Perfect match, PM)和错配探针(Mismatch, MM)组成,称为探针对(Probe pair)。

          MM与PM的序列只有正中央的那个碱基不同,其余的都一致。轻松

          但是,在一些高密度芯片中,例如外显子芯片(Exon array),每个探针组只有4个PM探针,没有MM探针。内容

          探针序列的来源叫做参考序列,通常来自于公开的核酸数据库(例如NCBIGenBank或RefSeq)。对于不同的芯片类型,探针组在参考序列中的分布不同。电信

          一个简单的实例

          我们将介绍一个简单的例子,让小伙伴们对Bioconductor分析基因芯片数据有一个初步的了解,同时学会使用Bioconductor完成基因芯片预处理的流程。新田你会发现这个过程非常简单!

          下面这段程序从载入原始数据(CEL文件)开始,通过预处理得到基因表达矩阵,是芯片数据处理的一一个必须步骤。

          #安装并加载所需R包。伯克if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

          install.packages("BiocManager")#3.6之后的新版本安装

          #BiocManager::install()

          BiocManager::install(c("CLL"))

          #CLL包会自动调用affy包,affy包含有后面需要的rma()函数。library (CLL)

          #读入数据(CLL包中附带的示例数据集)。939data(CLLbatch)

          # 调用RMA算法来对数据预处理。浦江CLLrma @lt@- rma(CLLbatch)

          #警告可以忽略

          #读取预处理后所有样品的基因(实际上是探针组)表达值。e @lt@- exprs(CLLrma);

          #查看部分数据。手续e[1:5, 1:5]

          该实例中用到的慢性淋巴细胞白血病(Chronic lymphocytic leukemia, CLL)数据集,采用了Affymetrix 公司的HG_ U95Av2表达谱芯片(含有12625 个探针组),共测量了24个样品("CLL10.CEL"、"CLL11.CEL""、"CLL12.CEL"、"CLL13.CEL""CLL14.CEL"等),每个样品来自一个癌症病人,所有病人根据健康状态分为两组:稳定期( Stable)组和进展期(Progressive)也称为恶化期组。兴盛

          因此,最后的结果得到的对象e是一个12625行、24列的基因表达矩阵。人气不错

          该实例采用的实验设计方式:两组之间是对照试验(Control test),每组内部是平行试验( Parallel test)。

          对照试验,简单来说就是为了阐明某种单一因素的效应或影响,在保持其他因素不变的前提下,测试一定数量的实验组样本和对照组样本,并对结果进行比较。霸王

          平行试验,简单来说就是对同样的一-组样本取两个以上相同的样品,以完全一. 致的条件进行试验,测试结果的稳定性。

          从实例可以看到,用Bioconductor编程,仅用不超过10行代码即完成了整个芯片预处理过程,甚至比常用的分析软件Affymetrix Expression Console Software还要简单。牌类

          而且Bioconductor提供了多种参数供用户设定,可以完成更为复杂的分析及批量处理功能,是分析软件所不具备的。棋


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